Rozbiór Polski zahamował rozwój kwitnących prowincji. Nowe granice polityczne oddzieliły niektóre klasztory od prowincji macierzystych i sparaliżowały łączność zakonników ze swoimi prowincjami. Nastąpiła więc zupełna dezorganizacja życia zakonnego. Władze zaborcze stopniowo zamykały lub ograniczały domy nowicjackie i seminaria zakonne; uniemożliwiały odbycie kapituł i wybory prowincjałów; życie zakonne normowały swoimi dekretami. Najwcześniej zniesiono klasztory franciszkańskie w zaborze pruskim. Konwenty północne dawnej prowincji polskiej uległy kasacie jeszcze przed powstaniem Księstwa Warszawskiego (1803 - 1806). Czas istnienia Księstwa Warszawskiego ocalił jednak na kilkanaście lat byt konwentów zabranych przez Prusy. Ostatnim klasztorem skasowanym przez władze pruskie było Gniezno (1836).  Pod zaborem rosyjskim po powstaniu listopadowym władze carskie zniosły (1832) wszystkie klasztory franciszkańskie na tzw. Ziemiach Zabranych (Kresy Wschodnie). Ocalało jedynie Grodno, gdzie zostawiono klasztor, przeznaczając go na wymarcie starych zakonników. W tzw. Królestwie Polskim klasztory zachowały swój byt jeszcze przez 30 lat. Po powstaniu styczniowym zniesiono (1864) wszystkie klasztory ocalałe podczas poprzedniej kasaty z wyjątkiem klasztoru w Kaliszu (zniesiony w 1902 r.), który podobnie jak Grodno przeznaczono na wymarcie starych franciszkanów. Polskie klasztory franciszkańskie ocalały jedynie pod zaborem austriackim, ale i tu dzieło józefińskiej kasaty pozostawiło duże ślady. Już w 1777 r. według wykazów Knopka, radcy gubernialnego austriackiego we Lwowie, przewidziano do kasaty aż 12 z 18 klasztorów na terenie Galicji. Nie posiadały bowiem odpowiedniej liczby (10) zakonników. W rzeczywistości jednak skasowano 7 klasztorów. Innych 7 klasztorów, do których w 1865 r. generał zakonu dołączył klasztor franciszkański w Krakowie jako jedyny ocalały z dawnej prowincji polskiej, stanowiło do 1919 r. tzw. prowincję galicyjską św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię. Życie tej miniaturowej prowincji było bardzo ograniczone, a pod względem zakonności przez wiele dziesiątek lat - bardzo niedoskonałe. W swoim stylu życia zakonnicy odeszli od przepisów zakonnych i niewiele różnili się od księży świeckich. Dopiero za rządów prowincjała o. Samuela Rajssa (1883-1892) przeprowadzono wewnętrzną reformę polegającą na przywróceniu życia wspólnego wśród zakonników. Dzięki pracom o. Samuela i o. Remigiusza Dudy, mistrza nowicjatu, liczba zakonników w prowincji z 57 na początku prowincjalstwa wzrosła do 83 pod koniec jego rządów, czyli o przeszło 45%. Odzyskanie niepodległości przez naród polski przyczyniło się do nowego rozwoju i ekspansji. Do klasztorów Królestwa Polskiego franciszkanie starali się jeszcze dostać jeszcze w 1918 r., gdy niektóre z dawnych klasztorów znalazły się pod okupacją pruską. Biskup włocławski Zdzitowiecki pozwolił już 27 maja na powrót franciszkanów do Radomska, a 20 września 1918 r. na powrót do Kalisza. Arcybiskup warszawski Aleksander Kakowski 8 lipca 1918 r. - na powrót do Łagiewnik. W roku 1919 odzyskano klasztory w Warszawie, Grodnie, Nieszawie oraz placówkę w Wilnie (kościoła wówczas nie odzyskano). Największe zasługi na polu odzyskania dawnych placówek położył o. Alojzy Karwacki, od r. 1918 prowincjał galicyjski. Do roku 1920 prowincja rozwinęła się na tyle, że na kongregacji międzykapitulnej tego roku wyodrębniono jeszcze jedną kustodie. Stan prowincji przedstawiał się następująco: Kustodia lwowska - klasztory we: Lwowie, Haliczu, Horyńcu. Parafie w: Czyszkach, Hanaczowie; Kustodia przemyska - klasztory w: Przemyślu, Kalwarii Pacławskiej, Sanoku, Krośnie, Jaśle; Kustodia krakowska - klasztory w: Krakowie, Radomsku, Łagiewnikach, Kaliszu; Kustodia warszawska - klasztory w: Warszawie, Grodnie, Nieszawie. Prowincja rozwijała się nadal. Dzięki akcjom o. Maksymiliana Kolbego przybywały nowe powołania zakonne, przede wszystkim na braci. W roku 1927 za prowincjałatu o. Kornelego Czupryka o. Kolbe otworzył klasztor-wydawnictwo Niepokalanów, a w roku 1930 podobny ośrodek w Nagasaki w Japonii. W roku 1928 dzięki życzliwości kardynała Hlonda odzyskano klasztor w Gnieźnie.   W roku 1934 podniesiono do rangi konwentów domy parafialne w Czyszkach i w Hanaczowie. W tym roku przyjęto jeszcze jedną placówkę, w Lubomierzu, w diecezji krakowskiej. Za rządów o. Anzelma Kubita (1933- 1939) przybyło 9 placówek. W roku 1936 o. Anzelm przyjął w Skarżysku-Kamiennej plac pod klasztor. W tym samym roku postanowiono otworzyć dom zakonny w Kozielnikach koło Lwowa oraz przyjęto rektorstwo kościoła w Morszynie Zdroju. W roku następnym przejęto klasztor w Radziejowie i w Nieszawie (odstąpiony diecezji w roku 1930) oraz dawny kościół franciszkański w Kossowie w archidiecezji Lwowskiej z obowiązkiem obsługi filialnego kościoła w Żabiu. W roku 1938 przyjęto parafię w Zaczepicach w diecezji wileńskiej i odzyskano dawne klasztory franciszkańskie w Iwieńcu i w Dziśnie. W ten sposób liczba domów wzrosła do 32, a liczba zakonników do 1190, w tym 141 kapłanów, 137 kleryków, 657 braci. 167 małoseminarzystów, 88 kandydatów na braci zakonnych, ponadto 14 Zakonników z innych prowincji. Brakowało tylko 63 zakonników, żeby osiągnąć stan liczbowy sprzed rozbiorów. Różnica była jednak w tym, że przed rozbiorami na 1254 zakonników było 289 braci zakonnych, teraz wraz z kandydatami było 745 braci na 1190 zakonników. Na skutek przede wszystkim trudności administracyjnych, związanych z rozległym obszarem jednej prowincji - prowincja obejmowała powierzchnię całego państwa - na kapitule prowincjalnej 23 sierpnia 1939 r. dokonano podziału dotychczasowej jednostki administracyjnej na dwie równorzędne.